在遥远的未来，银河的尽头。人类正与异形的怪生命体展开生存之战。在激战中，少年兵雷德与其乘坐的人型机动兵器Chamber 一起被吞入了不明的时空。被海洋包围的地球此时已经是一片汪洋，地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动，同时不断地打捞着旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的雷德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于语言、文化、习惯等的不同，雷德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的他必须去学会如何与Gargantia上的人们共同生活，其中还包括少女艾米。